Aquafin a été créée en 1990 par la Région flamande afin de développer, d'exploiter et de financer les infrastructures flamandes servant à l'épuration des eaux usées. Aquafin assure la collecte de l'eau des égouts communaux dans des «collecteurs» et son acheminement vers des installations d'épuration où elle est traitée suivant les normes européennes et flamandes. Grâce au savoir-faire et à l'expérience accumulés dans ces domaines, Aquafin est fréquemment sollicitée en tant que partenaire dans le cadre de projets de recherche belges et étrangers. Par l'intermédiaire d'une filiale, Aquafin opère à l'étranger (en se concentrant sur les nouveaux États membres de l'Union européenne) et pour le compte de clients étrangers. La convention signée avec les autorités flamandes stipule qu'Aquafin doit assurer une partie des tâches des communes et gérer les installations de la Vlaamse Milieumaatschappij (VMM). Triodos Banque a consenti un crédit à cet effet.